Von den zwei Söhnen namens Arnt und Bartholomäus, die dem älteren Barthel Bruyn ab 1547 bei der Ausmalung des Karmeliterkreuzgangs in Köln halfen und auch danach das Handwerk des Vaters ausübten, scheint nur einem Erfolg beschieden gewesen zu sein: Während der erstgeborene Arnt 1577 verschuldet starb, ohne dass wir jemals von größeren Aufträgen hörten, trat der jüngere Barthel künstlerisch wie materiell das Erbe des Vaters an. 1550 heiratete er die wohlhabende Agnes Patberg (gest. 1623) aus Werden, in deren Namen er fünf Jahre später ererbte Immobilien in Werden verkauft. 1557 übernimmt Barthel Bruyn d. J. Häuser und Atelier seines Vaters als alleiniger Besitzer; er muss seine Geschwister damals ausbezahlt haben. Seit 1579 ist er Ratsherr. Der Patrizier Hermann von Weinsberg, einer seiner Kunden, überliefert die Klage des Malers über schwindende Sehkraft; ab 1590 hat er möglicherweise nicht mehr viel malen können. 1593 setzte er mit seiner Gattin ein gemeinsames Testament auf. Hochangesehen und wohlhabend ist er gestorben.
Aus heutiger Sicht erstaunt das etwas in Anbetracht der Tatsache, dass das Werk des jüngeren Bruyn jeglicher Innovation entbehrt: Am überlieferten Kompositions- und Typenvorrat des Vaters hält der Sohn eisern fest; außer dem Kostüm modernisiert er nur gelegentlich die Linienführung im Sinne des Zeitgeschmacks, ohne dass dies die Wirkung seiner Bilder verbessern würde. Zwar fallen sowohl die Inkarnate als auch das Gesamtkolorit in der Regel blasser aus als bei seinem Vater. Da der jüngere Bruyn aber nie einen wirklich individuellen Stil entwickelte und seine Werke fast nie signierte, hat sich die Forschung mit der Eingrenzung seines Œuvres naturgemäß schwergetan. Zwei gesicherte Werke erlauben dennoch eine Bestimmung, das durch Rahmenumschrift gesicherte und auf 1560 datierte Bildnisdiptychon des Abtes Petrus Ulner im Rheinischen Landesmuseum in Bonn, sowie ein Triptychon für Hermann von Weinsberg im Kölner Historischen Museum, zu dem der Auftrag dokumentiert ist.
