Geboren am 19. August 1621 in Amsterdam als Sohn des Goldschmiedes Jan Pietersz. van den Eeckhout und der Grietje Claesdr, Tochter eines Schuhmachers. In der zweiten Hälfte der 1630er Jahre war er Schüler von Rembrandt in Amsterdam, zu dessen Freunden er nach Houbraken auch zählte. Aus dem Jahr 1641 stammt sein frühestes datiertes Werk „Gelehrter in seiner Studierkammer" (Budapest, Museum der bildenden Künste). Er lebte bis zu seinem Tod unverheiratet in Amsterdam, wo er am 29. September 1674 begraben wurde.
Van den Eeckhout war ein vielseitiger Historienmaler, der sich mit zum Teil selten dargestellten Stoffen der antiken und biblischen Geschichte und Mythologie beschäftigte. In den 1650er Jahren schuf er sich mit vornehmen Gesellschaften und Soldatenszenen im Genre ein zweites Standbein. Gelegentlich malte er auch Porträts, die zumeist historisierend eingekleidet und ausstaffiert sind, sowie Landschaften. Als Zeichner entwarf er Druckgraphiken und nahm auch selbst die Radiernadel in die Hand. Seine stilistische Wandlungsfähigkeit und seine hohe Malkultur in der Tradition des niederländischen Spätmanierismus zeichnen ihn als einen der profiliertesten Schüler Rembrandts aus.