Jan Ekels d. J. wurde am 28. Juni 1759 als Sohn seines gleichnamigen Vaters Jan Ekels des Älteren geboren, eines auf die Darstellung von Stadtansichten spezialisierten Malers. Zunächst unterwiesen durch seinen Vater, besuchte Jan von 1774 bis 1781 die Amsterdamer Akademie. 1776 unterbrach er für zwei Jahre seine Studien, um seine Lehrjahre an der Pariser Akademie fortzusetzen. Nach seiner Rückkehr gewann er 1779 und 1781 Preise in den jährlichen Wettbewerben der Amsterdamer Akademie im Zeichnen nach dem Modell. 1783 unternahm er eine Reise an den Rhein und besuchte dabei auch Düsseldorf. Im folgenden Jahr wurde er Mitglied der Felix-Meritis-Gesellschaft in Amsterdam. Dort starb Jan Ekels d. J. am 4. Juni 1793. In dem zwei Tage später im „Algemene Konsten Letterbode“ veröffentlichten Nachruf wurde besonders seine Begabung als Zeichner gewürdigt.
