Wahrscheinlich um 1645 wurde Jan Griffier in Amsterdam geboren. Seine Ausbildung erhielt er zunächst bei einem unbekannten Blumenmaler und später bei Roelant Roghman in Amsterdam. 1667 reiste er nach London und schloss seine Ausbildung bei dem holländischen Landschaftsmaler Jan Looten ab. Während seines mehrjährigen Aufenthalts in England lebte Griffier auf einem Boot in der Themse und malte von dort topografische Ansichten von London und Umgebung, aber auch Fantasielandschaften. 1695 kehrte er mit seiner Familie in die Niederlande zurück, im Gepäck eine große Zahl von Gemälden, die zum Verkauf bestimmt waren und den Lebensunterhalt sichern sollten. Ein Schiffbruch vor Rotterdam machte jedoch diese Pläne zunichte. Griffier ließ sich in Rotterdam nieder und begegnete dort den fantasievollen Rheinlandschaften von Herman Saftleven, die sein künstlerisches Schaffen in der Folgezeit prägten. Sobald er finanziell dazu wieder in der Lage war, kaufte sich Griffier dem Kunstschriftsteller Arnold Houbraken zufolge erneut ein Boot. Er wählte Amsterdam als Ausgangspunkt, lebte aber vorwiegend auf den holländischen Gewässern. Vermutlich hielt sich der Maler noch 1700 in den Niederlanden auf, denn am 14. Juli dieses Jahres schrieb sich ein Johannes Griffier in das Album Studiosorum der Leidener Akademie ein. Später kehrte der Maler nach England zurück, ließ sich in Millbank, London, nieder und starb dort 1718.
Gefördert vom Duke of Beaufort, zählte Griffier zu den berühmtesten Landschaftsmalern in England. Bekannt wurde er vor allem durch seine Rheinansichten; er malte aber auch italianisierende Landschaften, die, bevölkert von Badenden, den Einfluss durch Cornelis van Poelenburch verraten. Griffier schuf auch Radierungen, vorzugsweise von Vögeln und Tieren. Seine Söhne Jan II Griffier (ca. 1673–ca. 1750) und Robert (1688–ca. 1760) wurden gleichfalls Maler. Ihre Werke sind teilweise nur schwer von denen ihres Vaters zu unterscheiden.