Melchior d’Hondecoeter wurde 1636 in Utrecht in eine Malerdynastie hineingeboren: Sein Großvater Gillis d’Hondecoeter stammte noch aus Flandern, vermutlich aus Antwerpen oder Mecheln, und zog mit seiner Familie zunächst nach Delft, später nach Utrecht. Seine Spezialität, die Darstellung von Waldlandschaften, wurde in der nächsten Generation von seinem Sohn Gijsbert fortgeführt, wobei sich dieser allerdings zunehmend auf die Wiedergabe von Tieren konzentrierte. In der nächsten Generation übernahm sein Sohn Melchior d’Hondecoeter diese Vorliebe, indem er sich ganz auf die Darstellung von Tierstücken verlegte. Die künstlerische Ausbildung erhielt er jedoch aufgrund des frühen Todes seines Vaters von seinem Onkel Jan Baptist Weenix, der neben italianisierenden Landschaften vorwiegend Jagdstillleben malte. Nach dessen Ableben zog Melchior d’Hondecoeter nach Den Haag, vermutlich, weil er für seine prunkvollen Tierstücke Abnehmer in den höfischen Kreisen suchte. Sein Aufenthalt von 1658 bis 1663 in Den Haag ist durch Eintragungen in der Confrerie Pictura, der dortigen Malervereinigung, belegt, in die er 1659 eintrat. Anschließend siedelte D’Hondecoeter nach Amsterdam über, wo er am 9. Februar 1663 Suzanna Tradel heiratete.
Obgleich er für seine großformatigen, dekorativen Tierstücke hohe Summen erzielen konnte, starb der Maler am 3. April 1695 hoch verschuldet in Amsterdam. Ein Grund dafür könnte die von Zeitzeugen, darunter sein Schüler Willem van Royen, dokumentierte Trunksucht sein. Seine Tochter nahm deshalb das Recht in Gebrauch, vor Antritt des Erbes einen Überblick über den Nachlass zu gewinnen. In den zu diesem Zweck angefertigten Inventaren wurde unter anderem die Gemäldesammlung von D’Hondecoeter aufgenommen, die sowohl Werke von holländischen Stilllebenmalern wie Otto Marseus van Schrieck und Willem van Aelst als auch Tierstücke seines flämischen Vorbildes Frans Snyders umfasste. Neben großen Wanddekorationen malte D’Hondecoeter auch Trompe-l’oeils mit täuschend echt wirkenden Holzbrettern, auf denen Vögel befestigt sind.