Jan Linsen wurde um 1602/03 in Hoorn geboren. Eine um 1623 entstandene, anonyme Zeichnung zeigt Linsen zusammen mit weiteren Gründungsmitgliedern der „Bentvueghels" und überliefert seinen Beinamen „Hermafrodito". Damit ist seine Anwesenheit in Rom ab dieser Zeit belegt; die Dauer seines Aufenthalts ist jedoch nicht geklärt. In den Archiven der Parochie Sancti Nicolai in Rom wird unter dem Jahr 1625 sein Wohnsitz in der Strada dell' Olmo verzeichnet, aus der er im folgenden Jahr verzog. Eine 1630 datierte Zeichnung mit einem römischen Motiv (Amsterdam, Rijksprentenkabinet) von seiner Hand legt nahe, dass er sich zu diesem Zeitpunkt noch in der Ewigen Stadt befand. Stilistische Parallelen zum Werk des Bartholomeus Breenbergh deuten auf Kontakte zwischen den beiden Malern hin, die sich etwa zeitgleich in Rom aufhielten und sich möglicherweise seit ihrer gemeinsamen Kindheit in Hoorn kannten. Datierte Gemälde belegen, dass sich Linsen früher als Breenbergh mit mythologischen Themen auseinandersetzte.
Houbraken zufolge wurde Linsen, nachdem er in Italien ein Schiff bestiegen hatte, von „Mohren" entführt und dann ausgesetzt. Angeblich hat er seine Begegnung mit dem Oberhaupt der „Mohren" später in einem Gemälde festgehalten, wie Houbraken unter Berufung auf einen Brief von 1718 berichtet. Jan Linsen starb 1635 nach einem Streit in einem Wirtshaus in Hoorn.
