Wahrscheinlich um 1603/04 wurde Aert Egeromsz. van der Neer als Sohn von Egerom Aertsz. van der Neer und Aeltje Jansdr. in Amsterdam geboren. Ein Dokument vom 12. Mai 1642 gibt sein Alter mit „etwa vierunddreißig" an. Am 16. März 1629 heiratete Van der Neer Lijsbeth Govaerts in seiner Vaterstadt. Dem Eintrag in der Heiratsurkunde zufolge, in der Van der Neer als Maler bezeichnet wird, hatte er seine Ausbildung zu diesem Zeitpunkt bereits abgeschlossen. In Amsterdam wurden die sieben Kinder des Ehepaares geboren, darunter Eglon Hendrick, der später vor allem als Genremaler tätig war. Am 28. Dezember 1642 trat der Maler Rafael Govertsz. Camphuysen als Zeuge bei der Taufe von Van der Neers Tochter Cornelia auf. Möglicherweise war er der Lehrer von Van der Neer, belegt ist aber nur die Zusammenarbeit mit dessen Bruder Joachim Govertsz. Camphuysen. Stilistische Parallelen könnten auch auf Kontakte in Amsterdam zurückgehen, wo die Brüder Camphuysen seit den frühen 1620er Jahren lebten. Ab den späten 1650er Jahren überliefern Dokumente vor allem Van der Neers Tätigkeit als Gastwirt, die er neben der Malerei ausübte: 1659 wurde er als Wirt des „Graeff van Hollant" in der Kalverstraat bezeichnet. Zudem wird er gemeinsam mit seinem Sohn als „wyntapper“ genannt. Aus Anlass des Bankrotts von Van der Neer am 12. Dezember 1662 wurde ein Inventar seines Besitzes erstellt. Ein weiteres Dokument vom 21. März 1663 belegt, dass er drei Monate später bereits wieder schuldenfrei war. Dennoch verbrachte Van der Neer den Rest seines Lebens in Armut. Am 9. November 1677 verstarb er in Amsterdam. Seine Söhne verzichteten auf ihr Erbe, um ein angemessenes Begräbnis für den Vater zu ermöglichen.
Van der Neer spezialisierte sich auf Winterszenen sowie Nachtstücke mit Mond- und Dämmerlicht. In seinem Frühwerk macht sich vor allem der Einfluss der Camphuysen-Brüder geltend. Die Winterdarstellungen verraten das Vorbild von Hendrick Avercamp und Esaias van der Velde. Großformatige Werke weisen auf Auftraggeber hin, ohne dass diese dokumentiert wären. Inventareinträge belegen, dass schon 1664 Kopien nach Werken Aert van der Neers existierten.
