Getauft am 2. Juni 1621 in Haarlem als Jüngster Sohn des Jan Hendricx van Eyndhoven, der möglicherweise Leinweber war, und der Janneke Hendriksen. Sein Bruder Adriaen van Ostade (1610-1685) bildete ihn aus. Ab 1639 liegen aus jedem Jahr datierte Werke von ihm vor. 1641 bestellte der Rotterdamer Kunsthändler Leendert Hendricx Bilder bei ihm, über deren Lieferung es zu einem Streit kam, der 1643 mit einem Vergleich vor der Haarlemer St. Lukasgilde beendet wurde. Isaac trat dieser erst 1643 bei. Er starb jung und wurde in der Woche vom 16. Oktober 1649 in Haarlem begraben.
Isaac malte am Beginn seiner kurzen Laufbahn bäuerliche Interieurbilder, wie sie auch sein Bruder Adriaen schuf. Seit um 1642 entstanden Bauerndarstellungen vor landschaftlichen oder dörflichen Hintergründen. Zu seinen häufigsten Motiven zählen Reisende vor einer Schenke, Bauern bei den verschiedensten Verrichtungen, geschlachtete Schweine, Kinderdarstellungen und Winterlandschaften. Bisweilen fügte er auch Staffagefiguren in Bilder anderer Maler wie z. B. Jacob van Mosschers ein. Seine Werke weisen manchmal bemerkenswert große Formate auf. Er war auch ein produktiver Zeichner. Neben dem Vorbild seines Bruders, mit dem er im künstlerischen Austausch stand, haben ihn auch Pieter van Laer und Jan van Goyen geprägt. Claes Molenaer, Cornelis Decker, Roelof van Vries, Jan Wijnants und Johannes Oudenrogge stehen ihm nahe. Gerrit van Hees kopierte ihn.