Weiditz, wahrscheinlich der Sohn eines gleichnamigen Freiburger Bildhauers, erhielt seine Ausbildung um 1515 in Straßburg. Um 1518 war er zusammen mit Hans Burgkmair in Augsburg tätig, wo er eine große Zahl von Buchholzschnitten, Initialen, Randleisten, Titelblättern und Einblattdrucken entwarf. 1521 fertigte er eine Ansicht der Stadt Augsburg, die als eine der ersten deutschen Panoramaansichten gilt. Da nur zwei seiner Holzschnitte signiert sind, wurde ein Teil seines Werkes dem anonymen Petrarcameister zugeschrieben, mit dem er heute meist gleichgesetzt wird. Zwischen 1530 und 1534 war Weiditz Mitglied der Straßburger Gilde. Als bedeutendstes Werk entstanden hier die ihm sicher zugeschriebenen Vorzeichnungen für die etwa 230 Pflanzendarstellungen von Otto Brunfels „Herbarium vivae eicones“, einer der wichtigsten Publikationen in der Geschichte botanischer Darstellungen.
