Der vermutlich um 1476 in Ferrara geborene Garofalo wird erstmals im Jahre 1497 urkundlich fassbar, als sein Vater Pietro Tisi dem zu dieser Zeit in Ferrara tätigen Maler Boccaccio Boccaccino Lehrgeld für seinen Sohn entrichtete. Vasari nannte demgegenüber Domenico Panetti als Lehrherrn des jungen Tisi, der nach dem Herkunftsort seiner Familie, dem Dorf Garofalo in der Provinz Rovigo, seinen Zunamen erhielt. 1502 wird Garofalo als volljährig (d. h. wohl als 25jährig), außerdem als „pictore" bezeichnet. Seit 1506 erscheint der Künstler regelmäßig in den Ferrareser Urkunden mit heute z. T. verlorenen Aufträgen; so wurde er 1506 für zwei Leinwandbilder bezahlt, die er für die Räume der Lucrezia Borgia im Palazzo di Schifanoia in Ferrara geliefert hatte. Die frühen, ihm aus stilkritischen Gründen zugeschriebenen Werke deuten auf den Einfluss seines Lehrers Boccaccino, ferner auf Eindrücke der Bologneser Maler Lorenzo Costa und Francesco Francia. Im weiteren Verlauf seiner Entwicklung hat sich, wie es scheint, Garofalo auch von Mantegna und Giorgione beeindrucken lassen.
Sein erstes bekanntes, signiertes Gemälde, eine thronende Madonna mit Kind und Heiligen, heute in der Pinacoteca Civica in Argenta, ist auf 1513 datiert. Bis zum Beginn der 1530er Jahre gibt es nur vereinzelt signierte Werke des Künstlers, doch aus dem vierten und fünften Jahrzehnt des 16. Jahrhunderts sind dann zahlreiche inschriftlich für Garofalo gesicherte Gemälde erhalten; gelegentlich taucht anstelle der ausgeschriebenen auch die „sprechende" Signatur der Nelke („garofano") auf.
Wie ungesichert insbesondere die Entwicklung Garofalos in den 1510er und 20er Jahren ist, verdeutlicht die aktuelle Kontroverse um die Datierung des Costabili-Polyptychons, heute in der Pinacoteca Nazionale in Ferrara. Galt es bis vor kurzem als eine in den frühen 1520er Jahren, wenn nicht erst um 1530 entstandene gemeinschaftliche Arbeit von Garofalo und Dosso Dossi, so erscheint aufgrund kürzlich gemachter Archivfunde zumindest einem Teil der Forschung die Entstehung des Altarbildes bereits in den Jahren 1513/14 (mit anschließender Überarbeitung durch Dossi um 1520) denkbar.
Das spätere Schaffen Garofalos, das durch seine intensive Auseinandersetzung mit Raffael geprägt wird, zeigt den Maler als Schöpfer komplexer, teils ausgesprochen klassizistisch anmutender Kompositionen. In den 1540er Jahren büßte Garofalo zunehmend seine Sehkraft ein; 1550 erblindete er vollständig. Sein letztes datiertes Gemälde, eine Verkündigung an Maria, heute in der Brera in Mailand, stammt aus jenem Jahr.
