Über Schongauers Lehrzeit ist nichts bekannt, doch dürfte er als Sohn eines Goldschmieds in der väterlichen Werkstatt in Colmar ausgebildet worden sein. 1465 verzeichnen ihn die Universitätsmatrikel in Leipzig als Studenten. Aufgrund seiner stilistischen Orientierung an der altniederländischen Kunst, insbesondere der Rogier van der Weydens, vermutet man, dass er sich in den ausgehenden 1460er Jahren in den burgundischen Niederlanden aufgehalten hat. Spätestens mit dem Beginn der 1470er Jahre war Schongauer wieder in Colmar tätig. 1489 wurde er als Bürger zu Breisach verzeichnet, wo er an Wandgemälden des Weltgerichts im Westbau des Münsters arbeitete. Von Schongauers Malerei ist wenig erhalten („Muttergottes im Rosenhag“, St. Martin in Colmar). Größten Einfluss übte sein etwa 115 Blätter umfassendes Kupferstichwerk aus, das sowohl in graphischer als auch in gestalterischer Hinsicht neue, von Naturnachahmung und malerischer Wirkung geprägte Maßstäbe setzte und die Druckgraphik Dürers vorbereitete.