Über das Leben und die künstlerische Ausbildung Hubers ist außerordentlich wenig bekannt. Um das Jahr 1502 entstanden erste Phantasielandschaften und topographisch bestimmbare Landschaftsdarstellungen mit religiösen Szenen unter dem Einfluss der frühen Arbeiten Lucas Cranachs. Huber siedelte sich in Passau an und baute dort eine Werkstatt auf. 1515 erhielt er den Auftrag zu seinem wichtigsten Werk, dem „Annenaltar“ für seine Heimatstadt Feldkirch. Von diesem Jahr an war Huber zudem als Hofkünstler und Architekt der Fürstbischöfe von Passau tätig, eine Position, die er bis zu seinem Tod 1553 bekleidete. Mehr als bei anderen Künstlern seiner Generation steht die Zeichnung als selbstständige Bildgattung im Mittelpunkt seines Werkes. Huber gilt neben Albrecht Altdorfer als der bedeutendste Vertreter der „Donauschule“ mit großem Einfluss auf die Landschaftsmalerei der Folgezeit.